Все достаточно просто. Если user1 отвечает за ввод, например, 3 организаций, а user2 за ввод 5 организаций, то добавялем в таблицу Предприятий служебное поле UserName, где сохраняем имя пользователя (User1, User2). Реплику фильтруем по имени пользователя. Таким образом, при частичной репликации, каждый будет видеть только свои компании.